Sau khi hoàn thành các nghiên cứu ở Châu Âu, Juan Crisostomo Magsalin Ibarra (tiếng Tây Ban Nha): Juan Crisóstomo Ibarra y Magsalin quay trở lại Philippines sau bảy năm vắng mặt. Anh trở về và nhận được tin rằng cha anh, một chủ đất giàu có, đã chết trong nhà tù do cuộc cãi vã với giám mục giáo xứ, một tu sĩ Franciscan tên là Padre Damaso. Ibarra đã đính hôn với một cô gái xinh đẹp và trưởng thành, María Clara, con gái duy nhất của Don Santiago de los Santos, thường được gọi là "Đại úy Tiago" - một người bạn lâu năm của gia đình Ibarra.

Giống như cha mình, Don Rafael Ibarra, Juan Crisostomo đã nỗ lực để cải cách chủ yếu trong lĩnh vực giáo dục nhằm xoá đói giảm nghèo và cải thiện cuộc sống của đồng bào mình. Sau khi tìm hiểu về sự thất bại của cha mình và việc cha mình không được chôn cất theo đúng nghi lễ của người Công giáo, Ibarra đã cực kỳ tức giận tấn công Padre Damaso mà cuối cùng dẫn đến việc anh bị truy tố. Vụ truy tố sau đó đã bị hủy bỏ sau khi có sự can thiệp của Thống đốc.

Padre Salvi, một giám mục giáo xứ sắp kế nhiệm Padre Damaso, một kẻ thù nguy hiểm của Ibarra đã buộc tội Ibarra về tội nổi loạn. Bức thư của anh gửi cho María Clara đã trở thành bằng chứng buộc tôi anh. Sau đó, Ibarra đã được Elías, một tên trộm đã từng mang ơn cứu mạng của Ibarra đến và cảnh báo với anh rằng sắp có người đến bắt anh. Nhưng vì do dự, Ibarra đã bị bắt và bị nhốt vào trong ngục ở Manila.

Trước đó, vì bất đắc dĩ, Đại úy Tiago đã phải hủy bỏ hôn ước của con gái mình với Ibarra và đồng ý gả María cho một người Tây Ban Nha trẻ tuổi tên là Alfonso Linares. Vào tối hôm đó khi Đại úy Tiago tổ chức một vũ hội để mừng lễ đính hôn của con gái ở Manila, trong khi đó, Ibarra đã trốn thoát khỏi nhà tù và bí mật lẻn đến nơi tổ chức vũ hội. Tại đây, anh đã vào được phòng của María và nhìn thấy cô đang ngồi một mình. Anh tức giận khiển trách cô vì lá thư mà Padre Salvi đưa ra làm bằng chứng là lá thư anh viết cho cô trước khi anh đến Châu Âu và tại sao cô lại có thể bán đứng anh như thế. Sau đó, María Clara nói với Ibarra rằng cô ấy không âm mưu buộc tội anh. Cô buộc phải đưa bức thư của Ibarra cho Padre Salvi để đổi lấy những lá thư của mẹ cô trước khi cô chào đời. María Clara phát hiện ra rằng những lá thư của mẹ cô đã được gửi cho Padre Damaso về đứa con chưa được sinh ra của họ, có nghĩa là cô là con gái của Padre Damaso, chứ không phải của Đại úy Tiago. Những lá thư này đã được Padre Salvi vô tình phát hiện ra trong lúc đi hành hương, hắn đã sử dụng chúng để hăm dọa cô và đổi lấy thư của Ibarra, từ đó hắn đã giả mạo bức thư để buộc tội anh. Cô nói với anh rằng cô sẽ kết hôn với người Tây Ban Nha trẻ tuổi này, hy sinh bản thân mình để cứu lấy danh dự của mẹ và danh dự của Đại úy Tiago và ngăn cản một vụ bê bối công khai, nhưng cô sẽ luôn luôn yêu anh.

Nhận được tin Ibarra vượt ngục, các lính canh lập tức lùng sục khắp mọi nơi. Ibarra sau khi nói chuyện với María dã cùng Elías chạy trốn đến hồ và bị quân lính đuổi theo. Ibarra bị bắn chết, Elías sống sót nhưng lại bị thương.

Vào đêm Giáng sinh, tại ngôi mộ của Ibarras trong một khung cảnh ảm đạm, Elías xuất hiện, bị thương và đang hấp hối. Anh tìm thấy một cậu bé tên là Basilio bên cạnh xác của một người phụ nữ nghèo tên là Narcisa, mẹ của Basilio. Bà đã bị hóa điên khùng bởi sự bỏ bê của chồng và những hành động lạm dụng của các lính Phòng vệ dân sự. Elías, tin chắc răng mình sẽ chết sớm, dặn Basilio xây dựng cho anh một hầm mộ và đốt xác của anh và xác của Narcisa. Anh ta nói với Basilio rằng, nếu không có ai đến được nơi này, cậu hãy đào số kho báu của Ibarra được chôn trong một chỗ ẩn giấu gần ngôi mộ của họ và hãy dùng sử chúng để trang trải chi phí học tập.

Trong cơn hấp hối, Elías đã trăn chối với Basilio rằng hãy tiếp tục mơ ước về tự do cho quê hương bằng câu nói:

Elías sau đó đã chết. Basilio sau đó đã giúp anh ta xây dựng một hầm mộ và hỏa táng Elías cùng mẹ mình.

Sau khi biết được cái chết của Ibarra trong cuộc rượt đuổi trên hồ, María Clara trở nên cực kỳ đau buồn và tuyệt vọng. Sau đó María cầu xin cha đỡ đầu của cô, Fray Damaso, đưa cô vào một cô nhi viện thay vì phải kết hôn với Alfonso Linares. Dámaso miễn cưỡng đồng ý khi cô đe dọa tự tử, đòi hỏi "Cô nhi viện hay Cái chết!"[1]. Cô không hề biết rằng, Ibarra vẫn đang còn sống và đã trốn thoát, và chính Elías mới là người bị bắn chết.